蘑菇是草本植物，植株低矮，果实鲜嫩多汁，所有这些都使它容易受到虫害、疾病和微生物的影响。因此，种植蘑菇的过程中要经常使用杀虫剂。这些农药、化肥和病菌很容易附着在蘑菇粗糙的表面上，如果不清洗干净，很可能引起腹泻，甚至农药中毒。要把蘑菇洗干净，最好是用自来水不断冲洗，流动的水可以防止农药渗入果实。清洁的蘑菇不应立即食用，最好在残留的清洁水中浸泡5分钟。残留的干净水可以杀死残留在蘑菇表面的有害微生物；残留的干净水是碱性的，可以促进酸性农药的降解。
1. 对蘑菇过敏的人不应该吃蘑菇。蘑菇也可能成为过敏原，如果对蘑菇过敏，吃蘑菇可能会引起皮肤发红、频繁腹泻、消化不良、头痛、喉咙痛、哮喘等过敏症状，所以这类人也应避免吃蘑菇。
2、蘑菇很滑，腹泻者不宜食用。患有胃肠道疾病和肝肾功能不全的人不宜常吃蘑菇，因为蘑菇中含有一种叫甲壳素的物质，会阻碍胃肠的消化吸收。
3. 不要吃从野外采摘的蘑菇，以免吃了有毒的野生蘑菇而中毒。
4、蘑菇中含有味精，煮蘑菇时不要在沸腾的锅中加入，而是在菜快出锅时加入。这是因为谷氨酸钠在温度高于120℃时，会变成焦谷氨酸，对人体有害，且难以排泄。
5、烹调蘑菇时不宜加入味精和鸡精，这些都是增鲜剂，而蘑菇等食品本身就含有新鲜成分。蘑菇中含有的味精也有咸味，所以在烹调食品时如果加入味精，应少加盐。